معلومة

هل هناك طريقة للقيام بتنزيل دفعة لجميع مسارات الجينات؟

هل هناك طريقة للقيام بتنزيل دفعة لجميع مسارات الجينات؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أود تنزيل جميع المسارات الجينية والجينات لكل مسار. ويفضل أن يكون طول الجين لكل جين كذلك. سيكون أكثر ملاءمة إذا كانت هناك حزمة R.


جرب استخدام KEGG REST.

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa ## قائمة بجميع الجينات والمسارات في البشر


إذا كنت تعمل مع مسارات BioCyc ، فيمكنك استخدام REST-API الخاصة بهم لتنزيل جميع الجينات لمساراتهم دفعة واحدة. يمكنك تشغيل مجموعة واسعة من الاستعلامات بما في ذلك استعلامات BioVelo لجميع الجينات / المركبات في مسار محدد ، وجميع المسارات في الكائن الحي وما إلى ذلك. سيبدو الاستعلام عن جميع المسارات في B. subtilis كما يلي:

http://biocyc.org/xmlquery؟ [x:x٪3C-bsub1wpathways]

حيث تحصل على XML مع Cyc-IDs للمسارات التي يمكن استخدامها للبحث عن الجينات. سيبدو الاستعلام عن جميع الجينات في مسار تخليق الأرجينين في B. subtilis بالشكل التالي:

http://biocyc.org/xmlquery؟[x:y:=bsub~argsyn-pwy،x٪3C-٪28genes-of-pathway٪20y٪29]&detail=full

الذي يقوم بإرجاع XML بمعلومات تتعلق بالجينات ومواضع البداية والنهاية بما في ذلك (أي طول الجين). نظرًا لأنني لا أعمل كثيرًا في R ، فأنا لا أعرف ما إذا كانت هناك حزمة R. ولكن من السهل جدًا كتابة نصوص Python للتنزيل وتحليل XML.


شاهد الفيديو: ATTENTIONHOW TO FRY SHASHLIK CORRECTLY, JUICY AND QUICKLY! Recipes from Murat. (ديسمبر 2022).